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帕特森反驳说他井没有忽视，只有克兰德尔这种“半瓶醋的新英格兰佬”才会提出这样的责难。帕特森虽然勉强承认了克兰德尔在教学上有一些优点，但总的来说，他觉得理学系要是没有克兰德尔反倒会办得更好些。
除了开设课程门类不多以及理科教员与学院行政领导之间的摩擦外，摩尔根在大学里还有他自身的难题。作为南军雷神的亲侄子，如果碰到的老师和同学是同情南军的，这当然是好事；如果他们不是南军的同情者，事情就不好办。就拿汤姆的法文老师来说吧，他在北军里当过兵，曾在摩尔根袭击队的逼迫下骑着骡子从辛辛那提后退了九十英里路到列克星敦。据说，由于怀着对汤姆伯父的宿怨，他差点给汤姆打个不及格。
对于约翰·亨特·摩尔根，彼得博士也有一些不愉快的回忆。约翰曾在特兰西瓦尼亚大学念书，当时彼得是那儿的教员。约翰·亨特精力过于旺盛，喜欢冒险，无法再读下去。但这个退学生对于自己从前的老师总是十分尊敬。可惜内战开始后彼得成了一名坚定的联邦主义者，挥起军刀对南军袭击队毫不留情。又由于彼得博士是列克星敦联邦军医院的外科主治大夫，每次南军临时攻占了这个城市的时候，摩尔根将军就认为必须把彼得博士拘留起来。不过，彼得博士还是喜欢汤姆，他是他儿子的好朋友。有一回，他让两个孩子一起做甜菜选种实验——当时这被看作属于化学或栽培研究，现在应归入遗传学的范围。
托马斯·亨特·摩尔根获得了肯塔基州立学院1886年授予的唯一的理学士学位。教员们以五票赞成、四票反对选定他为毕业生代表，在毕业典礼上致告别词。威廉·普鲁伊特获得另外四票，也在台上宣读致敬信。罗伯特·普鲁伊特也是1886届毕业生。
一个获得理学士学位的人能在列克星敦做什么？摩尔根心中无数。他有一次说，他之所以进入研究生院是因为不愿经商，但又不知道另外有什么事可干。在另一场合他又说，他之所以到约翰斯·霍普金斯大学是因为有位原肯塔基州立学院的理科学生约瑟夫·卡斯尔两年前到了霍普金斯。加之，巴尔的摩是他母亲的老家，霍华德一家（包括他母亲在内）当然觉得在巴尔的摩找所学校读书是很合适的。“但那时我的确不太明白，”摩尔根接着说，“他们对于在他们中间正出现一所了不起的大学几乎一无所知。我觉得，对于那座欢乐的城市中绝大多数旧式家庭，这是很有代表性的。”不过这也无关紧要。无论摩尔根当时已基本上意识到这点，或纯粹是由于幸运，霍普金斯大学对于一个学生物学的学生的确是个再好不过的地方。_
第二章 霍普金斯大学
世界的未来掌握在有能力把对自然界的解释比前人更向前推进一步的人们手中；……大学最重要的作用在于发现这样的人，爱护这样的人，充分发挥他们的能力。
托马斯·亨利·赫胥黎：在约翰斯·霍普金斯大学成立大会上的讲话
在等待霍普金斯大学1886年秋季开学的时候，十九岁的汤姆·摩尔根在位于马萨诸塞州伊普斯维湾小港的暑期学校开始了海洋生物学的学习。教学方法是个别指导，每周收费一美元，教学目的是培养班上十三名男生和十三名女生对教学工作或研究工作的兴趣。由于设在阿尼科姆的这所暑期学校翌年将成为设在伍兹霍尔的海洋生物实验室的核心，又由于海洋生物实验室同霍普金斯生物系的教师有协作关系，摩尔根到阿尼科姆去很可能是为了掌握他未来的生物学研究生学习阶段所必需的基本实验操作技术。他觉得这段工作收获很大，也十分有趣；他写信回肯塔基，说他总是庆幸自己转到了那里，而未再去搞地质调查。
不管摩尔根对霍普金斯大学抱有什么希望，他都该庆幸自己选择了这所学校，1886年该校已有十年历史，学术上的各种活动已走上正轨，在欧美教育界享有盛名。它处处都显得不同于肯塔基州立学院，也不同于美国大多数院校。
霍普金斯大学得到私人大量捐助，所以它不同于一般照联邦莫里尔法案接受国家拨地的院校，对教会的各种派别、州和地方政府的政策，对于一些艰涩课程的设置，一概不承担任何义务，也不受其制约。霍普金斯大学尤其有一位富于想象力的校长——丹尼尔·科伊特·吉尔曼，有一个信奉霍普金斯校训的理事会。这条校训是：真理使你成为自由人。所以，霍普金斯大学正式宣告成立那天晚上，它所属各学院已经解决好有关与达尔文的进化论的冲突。而其它许多大学四十年后还要面临这个问题。霍普金斯大学之所以及早处理了这一争论倒是有些偶然。英国生物学界的泰斗托马斯·赫胥黎曾应邀前未在成立大会上讲话。赫胥黎是著名的达尔文进化论的支持者，他自称是“达尔文的猛犬”。当时，在许多人看来，这个来霍普金斯讲教育问题的温文尔雅的（而且也不是不信教的）科学家，就普通的生物学而论，凡是唯物主义的东西，凡是非宗教的东西，凡是有威胁的东西，他统统都赞成。再说大学的理事会，虽然委员们全是虔诚的教徒，但他们一致决定，每次上课前做祈祷是不恰当的，于是取消了这一仪式。有一个神父这样写道：“请赫胥黎来是大错特错，邀请上帝出席成立大会会好得多。如果把他们一起请来，那是荒谬绝伦的。”待到摩尔根来到巴尔的摩的时候，建校之初进化论与神创论的激烈斗争早已被人遗忘。带有浓厚达尔文主义倾向的教师们有时还就这一题目给巴尔的摩的市民作报告，在该城上流社会的圈子里，人们喜欢把霍普金斯大学的师生邀去装点门面。所以在这种情况下，还保持着自由交换意见的气氛。
霍普金斯是当时为数不多的几所侧重于培养研究生而不注重本科生教学的学校之一。霍普金斯大学的奖学金，就其所设的数量和每人的金额来看，都远远超过其它院校，于是吸引了全国的优秀学生。他们多数是像摩尔根那样已经毕业的大学生，不需再学多少课程。
对摩尔根来说，更重要的是霍普金斯十分重视生物学。除哈佛大学以外，美国的院校对这一门学科都只触及一点皮毛。实际上，多数理科课程在当时的院校里常常不受重视，特受青睐的是文史哲。要不然，就是像在肯塔基州立学院那样，理科被束缚在农业和地质调查之类的实际应用方面。事实上，霍普金斯大学最初之所以加强生物学教学，特别是包括那么多生理学的内容，部分原因是为1893年成立医学院和医院作准备。关于成立医学院和医院的事，原来的霍普金斯遗赠的文件里有明文规定。不过，吉尔曼招聘来的两名生物学教师是强硬派，他们着手建立起一个独树一帜的生物系，在这个系里，生物学的教学和研究自成一家，对医学院学生不可能有什么用处，任何人也不能直接利用。从1876年建校到1886年摩尔根入学这十年中，校区内已建起一个新的生物学实验室，在切萨皮克湾建立了海洋生物实验室，下属两个试验站，一个设在北卡罗来纳的比尤堡，另一个设在巴哈马群岛。生物系甚至还自己出版刊物：刊名是《约翰斯·霍普金斯大学生物学实验室研究报告》。
摩尔根来到霍普金斯无异于不知不觉到了一个新的家庭。左这个小小的生物系里的几个人物门下学习，意味着他正跻身于生物学界最负盛名的学者的行列。他把大部分时间用于学习当时开设的两门基础课——生理学和形态学。教他生理学和普通生物学的是系主任亨利·纽厄尔·马丁。马丁博士是苏格兰人，剑桥出身，曾在迈克尔·福斯特门下学习生理学，在托马斯·赫胥黎门下学生物学，并同赫胥黎合写过一本基础生物学著作，成为当时普遍采用的教科书。摩尔根学形态学时的主讲教师是个身材矮胖、穿着随便、爱嚼烟草的美国人，名叫威廉·基思·布鲁克斯，他在哈佛念书时是博物学家和动物学家阿加西斯父子的门生。布鲁克斯参加过阿加西斯筹建海洋生物实验室的工作，也曾是闻名遐迩的那不勒斯海洋生物试验站的成员。摩尔根就读于霍普金斯大学期间还陆续来了一些教员，相应地带来了他们的传统和影响，还有许多学界名流来校讲学。摩尔根的许多同学推动过学校的发展，他们也成了终身的朋友和同事，其中著名的有E·G·康克林和R·G·哈里森。摩尔根还在霍普金斯校友中找到了一个特别守护神，这就是埃德蒙·比彻·威尔逊。威尔逊比摩尔根大十岁，当时已是布林莫尔学院的教授。
当然，摩尔根所处的圈子不限于霍普金斯，而是整个生物界。19世纪末，美国训练有素的生物学家的数目虽然在迅速增长，但为数仍然不多。这个“家庭”最初的儿女们互相了解，互相支持，有时他们在一些理论问题或研究方法上有分歧，但有一点却是完全一致的：他们认识到有必要提高美国生物学界在世界上的地位，有必要扭转它的方向。
有时，人们把霍普金斯大学生物系头二十年的成就归结为造就了一代美国动物学家，使美国生物学研究另辟蹊径，在世界上出人头地。传统的19世纪生物学研究采用的是描述性方法，也就是说，科学家只是观察生物的形态和结构，观察它们如何组合在一起，然后按上世纪林奈的办法，找出它们在物种分类系统中的位置。而新一代生物学家补充了一种新层次的探索，他们想要知道活着的生物机体是如何运转的。霍普金斯生物系主任固执他说：“在死的机体上观察生命过程是行不通的。”马丁并不是一名善于激发学生热情的教员，但他坚持实验，相信生理学对于生物学研究的价值，这种观点有效地促进了人们的大胆探索。
霍普金斯大学建校之初，实验技术操作的训练在美国高等教育中没受到普遍重视。该校生物系教师着手加强这方面的工作，使实验操作规范化和有明确的目的。显然，这套新的教学方法主要是在理科教学中推行，但就是历史教授有时也把他们的讨论课叫做“实验课”。生物学研究生所受的教育几乎全是在实验室进行的，每天都有人领着他们搞实验。传统的课堂讲授或背诵课本几乎完全取消，不过，教师也必定要提出学生阅读的参考书目，而学生们在研究中需要什么书籍，图书馆也尽量购置。
低年级学生集中搞实验操作，以便熟悉生物学研究的方法和仪器。在进行任何独创性的研究之前，学生要对新近发表的一些重大研究进行重复实验，以求证实它或批评它。所以、霍普金斯大学教育自己的青年科学工作者：学术无禁区，没有任何人的著作是神圣不可侵犯的，霍普金斯大学教授们的文章照样可以批评。布鲁克斯从气质上说是个观察家和哲学家，而不是一个爱动手搞实验的人，但他同马丁一样坚信任何理论都不应当作教条，只能作为新的探索的起点。他认为达尔文的学说也不例外。
摩尔根一辈子都不相信价格昂贵的设备，这也是霍普金斯的影响。马丁希望学生养成脚踏实地的作风。他认为，搞重复实验是生物系用以纠正毛里毛躁的学生的办法。照他的话说，这种人的特点是“一心想马上就搞复杂的课题……以为……实验室里备有自动化设备——某种‘生理灌肠机’，从这头塞一头动物进去，只消把扳手一拉，在另一头就会得出很有价值的发现。”
一旦学生通过了这种考验，从半吊子变成了严肃的科学家，那么，生物系就会给他提出一个需要研究的课题，放手让他去决定自己的研究方法和实验手段，然后对研究结果进行评价。布鲁克斯有一次解释他不重视摩尔根的同窗好友康克林是基于他自己对达尔文自然选择说的坚定信念。他觉得，让学生们自己独立探索而不凭借外界的帮助，是为学生好。的确，他曾对康克林的博士论文课题提出过很糟的意见。不过，大量事实证明，在很多优秀生物学家（其中也包括康克林）成长的道路上，这种教育方法的确是成功的。
霍普金斯大学的拥护者中，曾有人偶尔争辩说，对科学采用实验的方法是19世纪末霍普金斯大学的首创。其实也并非如此。16和17世纪的科学家已经开始对多少世纪以来被视为定论的希腊人的著作提出质疑。公元1世纪的盖伦在他的书中说心脏里有一块骨头；16世纪，维塞利亚斯终于解剖了一个人的心脏，发现里面并没有骨头，他还勇敢地宣布了自己的发现。到17世纪，人们通过实验进一步证明血液的循环是由于心脏的作用。证明这一事实的医生成廉·哈维还用实验的方法研究海洋动物得出结论说，几乎所有的动物都是由卵子发育而成的，而父母双方对新一代的生物体作出的贡献是相等的，从而推翻了亚里士多德认为胚胎是雄性一方产生的，雌性一方只是为胚胎提供滋养的说法。科学工作者要自己通过实验来研究生命过程，这种新的态度影响深远，解放了思想，产生了许多重大成果。1839年，细胞被证明是生物的基本单位。在摩尔根上大学前后几年里，欧洲出现了一系列互相关联的重大发现，这主要是细胞学家们的功绩。学术界出现了一批专门从事细胞研究的专家，这本身就是19世纪科学的重大发展，这时确证了精于是睾丸产生的而不是血液中产生的，这使科学家们大为惊讶（我们至今还有“纯血统印第安人”这种说法）。在显微镜下，人们看到了精卵融合的过程，定名为“受精”。1375年在细胞核中发现了能着色的物质，命名为“染色体”。1887年发现蛔虫的受精卵的染色体一半来源于父本，一半来源于母本。总而言之，在摩尔根上大学和读研究生的初期，科学家们在人类历史上第一次认识了受精所需的条件，他们准备进一步实验，以图发现这些神秘的染色体在胚胎发育过程中的具体作用。
霍普金斯大学的“一切通过实验”的原则，摩尔根很快就接受了。这很符合他的口味。他本人就恪守对一切事物都要亲自证明的信条。他全心全意拥护这些教授们的指导原则，后来还责难布鲁克斯哲理有余而实验不足。
摩尔根在霍普金斯大学的最初几年，着手从事他自己的第一项实验工作，逐渐形成了他在1907年发表的《实验动物学》一书中表达的基本原则。他说：
实验方法的本质在于要求每一种见解（或假说）都必须通
过实验的检验，然后才得以承认其科学地位。
就实验科学的问题而言，我们要求找出某一事件发生的
条件，而且，只要有可能，我们要控制这种条件而人工地重复
这一结果。事实上，控制自然现象乃是实验研究的目的……
研究者必须……养成一种对一切假说（特别是对自己提出的
假说）的怀疑心理，而且一旦证明其谬误，要勇于抛弃之。
摩尔根能够摒弃不真实的东西，也就是摒弃那些经过他自己的实验证明为虚假的东西，即使他自己也曾一度认为它是真理，这就使他拥有少数科学家才具备的灵活性，使他不怕犯严重错误，犯了就纠正，然后又回到思想的前锋位置。
摩尔根正在向他要终身研究的课题迈进。在进行胚胎学与再生现象研究之初，他对一个大难题作尝试性的探索：细胞是靠什么调节和控制的？在摩尔根一生中，这一问题始终以各种不同的形式萦绕于他脑际。他