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有点“异常”，而且表现出黄色基因与来自父本的X结合而应产生的颜色。
在20世纪20年代，发现的新基因突变或新染色体突变日渐稀少。这一方面的研究已经接近尾声。当年促使摩尔根转而研究遗传学的那些问题肯定已得到他认为满意的解答。他的洋洋洒酒的论文和专著中的语气好像是宣布：现在是整理材料、对果蝇遗传学研究做总结的时候了。
摩尔根在哥伦比亚大学的最后几年中，由于他的成就而得到许多报偿：他的著作一版再版，而且译成多种文字；他获得种种荣誉学位，并被授予高官厚禄（比如，1927年被任命为美国国家科学院院长）。但是，最能说明他享有的威望的是世界各地的科学家川流不息地来到摩尔根的实验室。有的是来交换意见的，例如，兰茨泰纳和莱文1927年发现MN血型后来到美国，希望摩尔根帮助他们从遗传学上加以论证。另一些人，如从英格兰来到蝇室的威廉·贝特森1922年所说的那样，只是想来“看看哥伦比亚的奇迹”。摩尔根的实验结果一次又一次地被别人证实和承认。最富戏剧性的也许是贝特森的转变。直到他亲自来到蝇室之前，他始终不相信基因确实是染色体的组成部分。显然，如果例外的东西是属于你自己的，它们就比较易于受到珍惜。后来，贝特森到了多伦多，在第三届国际遗传学大会上讲话。在《科学》杂志第50卷（1922年1月20日出版）第55…61页上有这样两段话：
关于合子（即受精卵）中特定的染色体与特定性状之间有直接联系这一问题，通过摩尔根及其同事的论述，特别是布里奇斯提供的证据，人们一定大大消除了怀疑。
在不久以前仍众说纷坛的遗传与变异的现象已逐步理顺，终于导致他们这一重大发现。我特地在圣诞节期间来到这里，向这颗西方升起的明星表达我的敬意。
贝特森在同一篇讲话中反对达尔文的进化论，而新闻报道措词失当，笼统他说有一位杰出的遗传学家不相信达尔文的进化论，于是又重新点燃了美国进化论者与基要主义者之间的论争。因而，美国许多州即将面临的问题，摩尔根也负有间接责任。田纳西州审理了著名的斯科普斯案件，肯塔基州1932年险些通过基要主义者提出的法案。那项法案要求禁止在公立学校使用含有进化论内容的教科书。第一次表决结果，38票赞成，36票反对，由于未达到法定的40票而没被通过。于是，拥护该法案的议员又把缺席的议员拉来。第二次投票结果是40：39，反对的议员要求暂停，重新计票。后来又拉来三名议员。第三次表决为41：41。这时一位名叫丘纳尔的议员反戈。他最初想投赞成票，因为他是位不妥协的浸礼会信徒，相信一切事物过去是怎样，今后仍然会是那样。但他这时却说他得抛弃他的宗教信仰而改投反对票。议案至此才被否决。摩尔根似乎并没注意到当时争论的热烈场面，也没注意到最后的表决结果。
无论谁来到谢默霍恩大楼，他所见到的摩尔根总是那个样子。莱文曾承认他看见这位伟人竟在蝇室里吃午饭时很感意外，“他的两手无法伸展开，因为周围挤满了东西。”那时候，全世界读遗传学的研究生和博士后研究生在自己的日程上最优先考虑的是去蝇室参观，但看见的景象往往大出他们所料。在俄国出生和受教育的西奥多修斯·多布詹斯基气喘吁吁地赶到纽约，盼望这位名教授摩尔根会“像天神一样”出现在眼前。但这位新来者被弄得目瞪口呆，因为他看到的不是什么神人，而是一个说话唐突、衣着不整的凡人，并且一点不受礼仪的约束，甚至连实验室的工作服也不愿披上（他只穿过一次，那是后来在加州理工学院的时候，《时尚》杂志的摄影记者要发表一组诺贝尔奖金获得者的照片）。从1927年至1940年，多布詹斯基和摩尔根在一起，1940年他从西海岸回到哥伦比亚大学，接替摩尔根。对他的名字，摩尔根从未说对过。
摩尔根要求蝇室里的工作人员个个独立工作，最初，这使许多研究人员很不习惯。摩尔根逐渐建立起一套他信得过的班子，他希望他们明白自己该做什么，怎样开展工作，然后就让他们分头去做——只是对任何实验他都抑制不住自己的热情，有时急忙跑进去，从别人肩膀上探过头去观看，当场提供意见或提出问题。哪项研究他都是合作者，他最后几年在蝇室里发挥的最重要作用不妨用他的学生A·H·斯特蒂文特的话来概括：他“始终不渝地支持、鼓励和保护”他这块领地中的工作人员。
截至1927年为止，果蝇研究工作差不多已进行了十八个年头，从佩恩的第一个品系算起，繁殖了约15000代。他把多数材料给了布里奇斯和斯特蒂文特。这两个人，他出于习惯，一直把他们叫做他手下的“娃娃”，虽然他们取得博士学位已有二十年，而他们对科学发展的贡献已为学术界所公认。他自己呢，无论在精神上还是在处理问题的方式上，都带点孩子气，就像斯特蒂文特后来说的，他“最善于开辟鲜为人知的新领域，他懂得在人们已有较深刻认识的领域内进行细致的、分析性的研究的价值，他总是乐于支持这类工作，但他自己一般不愿干这种事，而是在探索什么新方向。他总是同时进行着很多项研究——他所发表的涉及范围广泛的著作仅是其中一部分，因为他进行的研究有许多没有产生什么意义重大的结果，也就从未记载”。有一项这种没有留下记录的实验是在1924年进行的。他仍在试图证实拉马克的获得性遗传说。他当时用家鼠做实验，看看其后代会不会继承某种像巴甫洛夫所说的条件反射。这项实验搞了两年，结果得出否定的答案。
摩尔根终生保持着对博物学的兴趣爱好。无论给他什么标本。他几乎都能鉴定出来。1920年，当时年仅十七岁但后来成为个体生态学奠基人的康拉德·洛伦茨第一次见到了摩尔根。人们告诉他，住在谢默霍恩大楼的摩尔根教授能帮助他鉴定哥伦比亚其他人鉴定不出的标本。洛伦茨回忆起当时的情景，摩尔根是个瘦高个儿，看上去有点像亚伯拉罕·林肯，他很高兴地鉴定了洛伦茨的标本和他带来的其他动物，并不厌其烦地向他介绍了每一标本的生物学、形态学、生态学特点。他还给这位十几岁的青年详细介绍了那一排排瓶子里的果蝇的研究工作，而且把自己最初拍的果蝇染色体的显微照片拿出来给他瞧。这是个典型例子，表现出摩尔根对他所赏识的后辈的慷慨无私。
1927年，摩尔根在哥伦比亚大学已经工作了近四分之一个世纪，以六十一岁高龄，该是接近强制退休的时候了。他一生的抱负显然已经实现了一半，但是，一如既往，他的主要精力仍消耗在他的实验研究上。有些重要问题还没得到解答。其中，经常索绕于脑际的是生物发育的问题。人们还不知道基因是如何引起生物的发育的，甚至也不知道基因是不是与发育有关。如果处在他的地位，很多人都会载誉引退，在和睦清闲的家庭生活中继续搞点研究。摩尔根则不然。他同其他单位书来信往，于是决定了他六十二岁时将转移到美国人心目中的人间天堂——加利福尼亚去。到那儿，他将要建立起一个理想的生物学系。令人难以置信的是，他去的时候竟公然声明他是为了窥测生命之果的另一半，为了解答“分化”的问题，即一个未分化的细胞（卵）是怎样产生出将发育成个体的特殊器官的子细胞的。
第八章 加利福尼亚理工学院
汤姆是个科学伟人，无论什么东西，他样样都懂。唯一不懂的是为什么鸡蛋不变成鳄鱼。
查尔斯·金斯利：《水孩儿》
1928年，在帕萨迪纳召开的欢迎加利福尼亚理工学院生物学部新任主任的招待会上，摩尔根这样解释说：“当然，我曾预期在死后要去加利福尼亚。但现在我应邀提前几年来了，我愿借这一机会看看我来世的生活将会是什么样子。”
邀请他来的目的是要组织和领导一个全新的生物学部。加州理工学院是在19世纪的一所劳作学校思鲁普综合技校的基础上发展起来的。第一次世界大战后，特别是物理学家罗伯特·A·米利肯终于被说服担任该校行政领导以后，新命名的加州理工学院扎实而迅速地从一所有名的工程院校发展成为一个世界性的物理科学研究中心。米利肯本人也在1923年获得了诺贝尔物理学奖。他长得一表人材，是个很有魅力的美男子，为该校筹集了大量捐款。1927年，除工程学以外，增设了物理学、化学、地质学和航空学等部门，集中了这些学科领域中最杰出的人物，招收了最优秀的研究生，进行着各种意义重大的研究；把摩尔根请来是要组建又一个部——生物学部。
1927年7月，摩尔根接受了这一任务，但没到校，他要求在哥伦比亚大学再逗留一年。他想把那儿的精英囊括一空，全都弄到加州理工学院去，但又不愿给威尔逊留下一个空空如也的系，使他的一切都得从头做起。于是，他在纽约留了下来，利用这一年时间为他的新学院勾画蓝图。
摩尔根竟然接受了如此繁杂的行政职务，这是颇为反常的事。他原来一直自称是一个“大半辈子都在想方设法摆脱那些羁绊的实验室动物”。所以，他也有些着急，怕有朋友会认为他犯了个愚蠢的错误。
是的，他自己显然是愿意单干，或是在蝇室那种小团体的环境中工作，他对动辄兴师动众的做法的厌恶是众所周知的。他的女儿伊莎贝尔（也就是后来从事微生物学研究、在全国小儿麻痹症基金会工作的那个女儿）有时同他争辩，说现在时代不同了，靠个人单干很难做出有价值的研究，他总是嗤之以鼻，说那只不过是“洛克菲勒研究院的心理”。不过，在加州理工学院任职，也意味着他有机会按照自己的计划去组织一个生物学部。重点的重点将是科研，而不是教学；而科研也将是“纯”科学的，不必和直接的实际应用绑在一起。这个部的教员和招收的研究生要符合摩尔根的理想，他们知道自己要干什么，而且不用过多指点，无需什么监督就自己动手去干。再说，在一个管理有方的物理科学研究机构里来实现这一计划，这本身就意味着研究工作将是严密的、分析性的，生物学的研究将按照与物理学和化学一样的标准进行。
摩尔根按这些要求拟定计划，略去形态学和其他一些内容，道理是加州理工学院不想重复其他院校（如霍普金斯大学和哥伦比亚大学）已经在做的工作，而是要走在前面探索科研与教学的新方向。他正在做的工作是建立一个他长期梦寐以求的兼有蝇室和那不勒斯试验站的特点的工作集体。但更加突出的一个重点是要建立起生物学与诸如物理学、化学等其它学科的协作——虽然他自己在研究工作中并不特别喜欢这么做。在加州理工学院，甚至生物学部大楼也被设计成与化学大楼连在一起，以便使两个学科有实际的接触，鼓励生物科学与其他基础学科相结合。植物学、动物学和遗传学合并为生物学部，但摩尔根反对建立一所医院的想法。正如他在初步方案中所述，“（生物学部）将力求把那些对发现活体生物中各种现象的统一性具有共同兴趣的人们集合在一起，形成一个单一的组织。”他本人的数理化基础很有限，对这点他心中有数，但他的方案具有远见卓识，他的协作计划，通过他即将招聘来的新教员的共同努力，最后圆满地实现了。关于可以用物理学和化学的原理解释生物学现象的见解，在19世纪即已提出了。达西·汤普森表述得很生动：“细胞与组织，甲壳与骨骼，叶片与花朵，凡此物质的各部分，它们的粒子之移动、构造、成形，无不遵从物理学的定律。”摩尔根历来赞成这种观点。他说：“我们明白，只有当我们确切了解生物发育过程中的理化变化的时候，我们才有希望把对生物发育的研究提高到严格的科学的水平。”显而易见，当时他心目中井没有一个具体的办法，只是对已为物理学和化学赢得了那么大的成就的实验方法称赞不已。
人们不会指望摩尔根放弃他的通过实验学习的信条而去同施罗丁格、波林这样的大物理学家、大化学家搞理论推导。关于他们在方法上的歧异，莱纳斯·波林有过精辟的表述。他说，“那时（1937年），我发现兰茨泰纳同我的治学方法很不相同：兰茨泰纳会问，‘关于世界的性质问题，实验中观察到的这些结果会促使我们相信什么样的理论？’而我提的问题是，‘关于这个世界，我们要怎样勾画出个最简单、最普通、最有道理的图景，使其符合这些观察结果，而不与之相悖。’”摩尔根完全倒向兰茨泰纳一边，他相信真理只能来自实验。然而，在摩尔根正在组建的加州理工学院生物学部，这两种方法将会殊途同归。
摩尔根对于新的生物学部应包括哪些学科有相当坚定的意见：遗传学与进化论；实验胚胎学：普通生理学；生物物理学；生物化学。至于心理学这类学科以后再增补。但生物学部及其所属的系的具体形式和方向将取决于招聘到的教师。摩尔根决不搞滥芋充数，而是按客观需要从容地搜集人材，把最优秀的人物招来，让他们根据各自的兴趣和能力开展工作。正因为如此，他虽然在就这些学科征询意见，但第一学年（1928…1929年）真正办起来的只有一个遗传学系。他从哥伦比亚大学动物学系聘来布里奇斯、斯特蒂文特、杰克·舒尔茨、艾怕特·泰勒。他还从哥伦比亚大学招来了西奥多修斯·多布詹斯基，第一年他的身分是国际研究员，翌年改为助理教授。到1931年，除了哥伦比亚大学来的一批人以外，还有欧内斯特·G·安德森、亨利·傅苏克、赫尔曼·多尔克、罗伯特·埃默森、斯特林·埃默森、休·赫夫曼、卡吉·林德斯特龙兰、亨利·西姆斯以及肯尼思·V·西曼。詹姆斯·邦纳和赫尔曼·肖特是研究生，乔治·韦尔斯·比德尔在读博士后研究生。杰弗里·凯利是亨利·博苏克的助手，沃尔特·拉默茨是安德森门下的博士后研究生。
在哥伦比亚大学的最后一年，摩尔根画出了加州理工学院生物学大楼的蓝图。1928年夏末，一支人数不多的教员队伍、六七个研究生和一大批果蝇经由伍兹霍尔来到加州时，大楼才建好一部分。他们把能用上的房屋都用上了，又在别人的办公室和教室里挤着住了几个月。摩尔根的工作是监督建房工程及时完工，安排图书馆和实验室的设备。
像他这样一个著名的使用公款锱铢必较的人，一下要买那么多设备真是不容易。为了避免添置档案柜，摩尔根自己的档案每五年销毁一次。加州理工学院的这个现代化的综合的生物学部，每层楼只装一部电话，整个大楼只设一个秘书。有一次，一位科技人员向摩尔根再要一盒装果蝇用的小玻璃瓶、每只的价格还不到一分钱，但他花了两个钟头与这位“遗传学之父”一同在实验室里东寻西找，因为摩尔根确信可以找到足够的旧瓶子充数。乔治·比德尔回忆他当年经过周密安排，看准一个星期天摩尔根独自在海滨的胚胎学实验室工作的时机找上门去，这正是摩尔根心境最愉快的时候，比德尔提出要90美元买一个新的显微镜物镜，出乎众人之所料，他居然要到了。
在加州理工学院展开的一系